그러나 최소 대상자에는 입학 경쟁률이 상대적으로 높고, 재단의 투자 등 적극적인 지원을 받고 있는 것으로 알려진 학교들도 일부 포함돼 의외의 결과다.

시교육청은 당락을 가른 것은 입시 위주의 수업을 하는 등 ‘교육과정 자율화’에 어긋난 운영을 했는지 여부라고 설명했다. 하지만 정작 구체적인 점수 내역은 공개하지 않아 평가의 객관성과 지표의 적절성을 놓고 논란이 일고 있다.

종합평가에서 결정적인 영향을 끼친 것은 교육과정 운영에서 '다양한 선택과목 편성·운영 정도'를 평가한 지표다. 이 지표의 배점은 1차 평가의 5점에서 8점으로 늘어났다.

특히 1차 평가 때는 가장 낮은 평가인 ‘매우 미흡’을 받아도 일정 정도의 기본점수를 줬는데 비해 이번엔 기본점수를 아예 없애 이 지표에서만 최대 격차가 0점에서 8점까지 벌어졌다.

평가 지표 중 ▲학생전출 및 중도이탈 비율 ▲다양한 선택과목 편성·운영 정도 ▲선행학습 방지 노력 등은 배점이 높아졌고, ▲학생충원율 ▲법인전입금 전출계획 이행 여부 ▲교비회계 운영의 적정성 ▲1인당 평균 장학금 등은 낮아졌다.

학교 운영의 재정적 측면 등 정량적 지표보다 교육과정 등 정성적 평가 비중이 높아졌기 때문에 학생 충원율이 낮은 학교 중에도 기준점 이상을 받은 경우가 나오기도 했다.

또 교육청 재량평가에서 교육의 공공성과 학교의 민주적 운영을 평가하는 3가지 지표(▲설립취지에 맞는 운영 인식 정도 ▲자부담 공교육비 ▲학생 참여와 자치문화 활성화)를 새로 넣었다. 이들 지표는 평가에 큰 영향을 미쳤지만 지나치게 자의적이라는 비판을 받고 있는 상황이다.

학생들의 학생인권보호 동아리 운영 여부 등의 지표도 논란이 됐다.

이에 지정 취소 대상인 한 자사고 교장은 “교육의 공공성을 잣대로 들이댔지만 결과적으로 없앨 학교를 내부적으로 정해놓고 시뮬레이션 한 것이 아닌가 하는 생각이 든다”며 “우리 학교가 유리한 요소는 적게 반영되고 불리한 것들만 많이 반영된 것 같다”고 문제를 제기했다.

한편, 자사고측은 평가 자체를 인정하지 않고 반발이 거세지고 있다.

기준 미달 평가를 받은 한 자사고 교장은 “안 그래도 학생 수가 적었는데 일반고로 전환되면 학교가 없어질 수도 있다”며 “이미 투자한 게 많은데 일반고로 넘어갈 수 없다”고 한탄했다.

또 다른 자사고 교장은 “교육부가 취소를 반려하겠다고 했기 때문에 일반고로 전환할 거라는 생각은 하지 않는다”며 “비리도 없는 학교라 문제없을 것”이라고 전했다.